ハードディスクは大量のデータ保管に適した、容量単価の安い記憶媒体だが、ある日突然故障したり使えなくなったりする事も少なくない。一般的な寿命は3年～5年と言われている。
ポータブルHDDに限らず、記録内容を保護するためには、バックアップをいかに作成しておくかという事が重要になってくる。
重要なデータはないからバックアップなど不要という人もいるが、そういう場合は好きにしてもらうとして、たいていの場合の人はHDD内のデータが読み込めなくなると困る。非常に困る人もいるはずだ。
何らかの方法でバックアップは必ず作成しておく事を強く推奨したい。可能なら二重、三重のバックアップがあるのが理想だ。
消極的な方法としては、重要なデータのみバックアップしておくという方法だ。OSやアプリケーションはリカバリできるものだから、自分で作成したデータなどに限ってバックアップをしておくという考え。これもまず合理的であり、最低限これくらいはやっておくべきだ。そういう重要なデータが画像や動画などでない場合は、たいていの場合、USBメモリで用が足りるだろう。
データが大量である場合は、USBメモリに分割したのでは効率が悪いし、たくさん用意すると効果にもなってしまう。DVD-Rなどのメディアに保管する方法もあるが、別のHDDに保管するという方法のほうが自由度が高い。
単純に別のHDDにコピーするという方法もあれば、バックアップツールを使ってミラーリングしたり、業務用などでは複数のHDDでRAIDシステムを組んでデータの保護を行ったりもする。
アプリケーションやOSも含めて、丸ごとバックアップを取るという方法は完全だが、容量が相当大きくなる事と、何よりOSそのものが動いていてHDDが駆動している状態であるから、これが簡単にはいかない。
それでも最近は、OSを起動したままで、バックグラウンドでOS毎バックアップを行えるソフトも有り、これはかなり有用である。
そもそもバックアップの前に、HDDの記憶領域をどのように活用するかという事で、HDDの障害に備える事がある程度できる。
OSとアプリケーションがインストールされているドライブと、データを保管するドライブを分けておけば、障害発生時のリスクを分散できる。
OSをインストールしてある領域・ドライブはOSを含めて完全バックアップ。データのドライブはそれはそれで適宜バックアップ（差分のみバックアップする、等）を行えば、作業としては当然少し増えるものの、いずれかのディスクに障害が発生しても、短時間での完全復元の見込みが高くなってくるというものである。