ポメラにはATOKが搭載されているが、当然にローマ字配列のカスタマイズ機能までは備えていない。自分は通常、ACTをベースに改変を行った独自の配列AOURを使っているが、ポメラではそういうカスタマイズはできないので、当然に通常のローマ字入力配列を使うことになる。
無論、自分もAOURに切り替えるまでは普通のローマ字入力を使っていたし、AOURでもアルファベットの配列はQWERTYなので、今でもローマ字入力も問題なくできる。
意外と干渉はない。ポメラで書くときはここから普通のローマ字だと指に言い聞かせて使うイメージで、逆の時はAOURだぞ、と。特に問題はなくいずれの配列でも使うことはできる。確かに、混同が全くないわけではなく、切り替えたときは確かに少々の混同は発生するし使っている最中でもミスタイプは多少あるが、基本的に問題はなく、いずれの配列でも実用上問題のない速度で打鍵ができている。