ATOKには変換補助設定として「ローマ字立ち直り」をするかしないかを選べるようになっている。「する」を選択すると、その入力綴りを無理矢理ローマ字と見做し、ローマ字入力（基本的にはQWERTYローマ字入力）の規則に基づいてかなに変換し出力する。
たとえば「ｗｗｗ」と打鍵すると「っっｗ」と出力される。
一方で「しない」を選択すると、（QWERTYの）ローマ字入力の規則にない綴りはそのままアルファベットで出力するので「ｗｗｗ」と入力すると「ｗｗｗ」と出力される。
本来、意図した通りに入力するためにはこういう補助機能はオフの状態であるほうが望ましいのだが、残念ながらAOUR配列の割当とは相性が悪い。
立ち直りを「しない」とすると、サ行の子音【;】が記号なのでローマ字入力されたと見做されず、【;A】と入力するとそのまま「；あ」のように出力されてしまうのである。すなわちサ行の入力が出来なくなってしまう。
AOUR配列の定義をATOKで使うときは、「ローマ字立ち直り」の設定は「する」あるいはデフォルトの「自動」にしておかなければならないようなのだ。
そうすることにより、問題なくAOUR配列での打鍵が出来るのであるが、ATOKとして基本的にはローマ字はQWERTYなので、特定の割当がない子音を連続して打鍵すると「っっｈ」のようになったり、あるいは本来バ行の子音であるはずの【N】の連続打鍵で「んんｎ」と撥音が入力されてしまったりする。
Google日本語入力では、このようなことにならない。